El Sector Marino está localizado en el margen del Afloramiento Papagayo, y es un sitio extremadamente importante para estudios comparativos de coral y muchos otros organismos marinos.

La estación biológica está localizada en la Isla San José del archipiélago de Islas Murciélago a una elevación de 20 sobre el nivel del mar (msnm), localizado al sur de la Península de Santa Elena en el Sector Marino del Área de Conservación Guanacaste de 43. 000 hectáreas.

El Sector Marino incluye varias islas e islotes relativamente cerca de la costa, océano abierto, costas rocosas y playas, incluyendo aproximadamente 20km de costa de anidamiento de tortugas. Los habitats incluyen ecosistemas de superficie, arrecifes de coral, aguas profundas, camas de algas y corrientes de afloramiento.

El Sector Marino es el único lugar donde hasta el momento se han encontrado dos tipos de coral muy raros Pocillopora inflata y Leptoseris scabra. El primero fue descrito recientemente en el 2000 y su distribución en el Pacífico es bastante restringida, Clipperton Atoll, Murciélago, Isla Uva Panamá y Galápagos. Su abundancia en los sitios mencionados es de aproximadamente 50 colonias. El otro coral ocurre solo en la Isla del Coco y en el Sector Marino del ACG.

La presencia de este coral en las aguas es muy importante porque puede haber llegado traído por las corrientes cálidas del El Niño. Su escasez y distribución hacen un excelente sujeto de investigación para estudios biogeográficos.

El Sector Marino está localizado en el margen del Afloramiento Papagayo, lo que lo hace un sitio extremadamente importante para estudio comparativos de coral y muchos otros organismos marinos, contiene una excepcional alta diversidad de octocorales. 

Investigaciones científicas del sector marino

La mejor población de coral negro de los lugares cercanos a las costas de Costa Rica se encuentra en el Sector Marino. De nuevo a escasez y rareza en otros sitios de la costa, hacen del Sector Marino un lugar de suma importancia para proteger. Este coral le lleva décadas para crecer a un tamaño de 30cms y en el Sector Marino hemos visto colonias de metro y medio de alto. No sabemos cómo estas colonias desapercibidas por buzos comerciales, pero es probable que sea por las peligrosas corrientes y fuertes vientos impredecibles al final de la Península de Santa Elena.

En 1997 un investigador marino observó un espécimen muy tóxico y colorido de una anémona Alicia mirabillis. El encontró otro espécimen aislado en el Parque Nacional Cahuita en el Caribe. La observación en el Sector Marino es muy misteriosa para un A. mirabilis ya que es referido como una anémona del Caribe.

Los grupos más increíbles de Gardineroseris encontrados hasta el momento en aguas de Costa Rica han sido en el Sector Marino del ACG. Estos pequeños parches de arrecife construidos enteramente de coral con colonias que superan 1.20 mts de altura y 0.8m de diámetro. Unas 60 colonias están localizadas en un pequeño cabo en las Islas Cocineras, cerca de la Estación Biológica en la Isla San José. Solo dos colonias de tamaño similar se conocen en Panamá, estas poblaciones de Gardineroseris son las más densas de esta especie en toda la región Pacífica este y el tamaño de estas colonias indican individuos de más de 50 años. 

Los pocos proyectos de investigación que se han realizado en el Sector Marino muestran la presencia de muchas especies únicas así como una gran cantidad de peces, estrellas de mar, erizos, pepinos de mar, tiburones, esponjas, moluscos, tortugas y muchos otros organismos que eran comúnmente encontrados por toda la costa Pacífica de América Central, pero han sido generalmente severamente agotados por muchos tipos de peces.  Los Porpoises son comunes y las ballenas pasan ocacionalmente.

Los científicos marinos creen que las Islas Murciélago son una rara combinación de islas  de organismos de arrecife y costeros. Si bien el área amerita muchas horas de observación bajo el agua, toda la evidencia apunta a un área de mucha importancia de diversidad marina para Costa Rica y el Pacífico Este.

La biodiversidad marina de la región ha sido explotada durante mucho tiempo especialmente productos tradicionales (pargos principalmente, cangrejos, pulpos, langostas y otras especies) por pescadores locales y ha mostrado decrecimiento en el tamaño de los animales individualmente e incrementos en los esfuerzos para capturar las mismas especies (aunque el Sector Marino ha escapado de esto gracias a las fuertes corrientes y vientos peligrosos). Más aun, intereses pesqueros de afuera (principalmente camaroneros de Puntarenas, Costa Rica) están causando daño al pasar al borde del Sector Marino con redes de maya pequeña y bajando la abundante pesca incidental. Pescadores deportivos del sur del ACG han usado el área, pero se ha probado que con explicarles que es un área protegida ellos excluyen esta área.

Los conflictos entre intereses pesqueros de afuera y los pescadores locales han crecido. El ACG ha establecido buenas relaciones con pescadores locales y ha empezado programas de investigación aplicada y participación con ellos y así gradualmente persuadirlos de no usar el Sector Marino para pescar. Sin embargo, estos son problemas socio-económicos-ecológicos y tendencias y estimamos muchos años más antes de que toda pesca sea excluida. 

Actualmente el sector permanecerá cerrado temporalmente por mantenimiento y reparación de la estación, sin embargo, las actividades turísticas de buceo y surf continuarán con su operación normal y las reservaciones siempre serán en el sitio oficial del ACG.